난임 시술비 지원 횟수와 본인부담금, 연말정산까지 - foliyo

📅 최종 업데이트: 2026년 06월 19일

난임 시술비 지원 횟수와 본인부담금, 연말정산까지 한 번에 정리

먼저 결론부터 말씀드리면, 2026년 기준 난임 시술비 정부 지원은 신선배아, 동결배아, 인공수정을 합쳐 출산당 최대 25회까지 받을 수 있고, 회당 본인부담금은 시술 종류와 만 나이에 따라 20만 원대에서 110만 원 사이에서 결정됩니다. 그리고 지원받고 남은 본인 부담분은 연말정산 의료비 세액공제로 다시 한번 돌려받을 수 있습니다. 시술 한 번에 200만 원이 훌쩍 넘어가는 비용 앞에서 '내가 실제로 얼마를 내고, 얼마를 돌려받을 수 있는지'가 가장 궁금하실 텐데, 이 흐름만 잡으면 진료비 영수증 한 장 한 장이 다르게 보입니다.

25회는 어떻게 카운트되는지, 회차의 함정

2024년부터 '난임부부당 평생 한도'가 폐지되고 '출산당 한도'로 바뀌었습니다. 출산 한 번을 기준으로 회차가 리셋되기 때문에, 첫째를 출산하고 둘째를 위해 다시 시술을 시작하면 또 25회를 새로 사용할 수 있습니다.

회차 구성은 이렇게 나뉩니다.

시술 구분	지원 가능 횟수(출산당)
신선배아 체외수정	최대 20회
동결배아 체외수정	위 20회 안에서 선택 사용
인공수정	최대 5회
합계 한도	25회

여기서 사람들이 자주 헷갈리는 지점이 있습니다. 첫째, 채취까지 갔다가 공난포로 끝나도 그 회차는 사용된 것으로 봅니다. 둘째, 중간에 임신은 됐으나 유산된 경우는 출산이 아니므로 횟수가 리셋되지 않습니다. 다만 화학적 임신, 자궁외임신 등의 사유는 회차 산정에서 예외 처리되는 경우가 있어 시술 전에 담당 코디네이터에게 '이번 회차로 카운트되는지' 한 번씩 확인하는 게 안전합니다. 셋째, 건강보험 적용 횟수(보험 차수)와 정부 지원 횟수는 같은 개념이 아니라 거의 연동되어 운영되지만, 보험 차수를 다 쓴 뒤에는 '비급여 전환'으로 시술은 계속할 수 있어도 정부 지원금은 끊긴다는 점입니다.

회당 본인부담금, 실제로 통장에서 나가는 돈

2026년 기준, 건강보험 본인부담률은 만 45세 미만 30%, 만 45세 이상 50%로 적용됩니다. 여기에 정부 지원금이 본인부담금과 비급여 일부를 덮어주는 구조라서, '병원에 결제하는 총액'과 '내가 최종적으로 부담하는 금액'은 다릅니다.

대략적인 금액 구조는 아래와 같습니다.

시술 종류	1회 총 진료비(평균)	정부 지원 한도	본인 실부담(평균)
신선배아 체외수정	250만~350만 원	최대 110만 원	80만~170만 원
동결배아 체외수정	80만~120만 원	최대 50만 원	20만~60만 원
인공수정	30만~50만 원	최대 30만 원	5만~20만 원

지원금은 약제비, 유산방지제, 착상보조제 같은 '비급여 항목'까지 일정 범위에서 인정해 줍니다. 다만 모든 비급여가 다 들어가는 건 아닙니다. 배아 동결 보관료, 유전자 검사(PGT), 자궁내막 수용성 검사(ERA) 같은 고가 항목은 지원 대상이 아니거나, 지원되더라도 회당 한도(예: 동결비 30만 원 등) 안에서만 인정됩니다. 영수증을 받았는데 '지원금이 생각보다 적네' 싶다면 비급여 중에 한도 초과나 비대상 항목이 섞여 있을 가능성이 큽니다.

소득 기준은 2024년부터 전국적으로 폐지되어 기준 중위소득 180% 같은 컷이 없어졌습니다. 다만 서울시 등 일부 지자체는 별도의 추가 지원금이나 자격 요건을 두는 경우가 있어, 거주지의 보건소나 보건복지상담센터 129로 한 번 더 확인하시는 걸 권해드립니다.

신청은 시술 전, 그러나 결제는 시술 후

지원금은 '시술 시작 전에 결정통지서를 받아둔 상태'에서 진행한 시술에만 적용됩니다. 이미 시술 끝나고 영수증 들고 가서는 소급 지원이 안 됩니다. 그래서 순서가 중요합니다.

1) 산부인과에서 난임 진단서 발급

2) 정부24 또는 보건소에서 '난임부부 시술비 지원' 신청

3) 결정통지서 수령(보통 7일 이내)

4) 통지서 유효기간(3개월) 안에 지정 의료기관에서 시술 시작

5) 병원에서 정부지원금 차감 후 결제

신청은 정부24에서 온라인으로 가능하고, 자격 확인이나 진행 상황은 복지로에서 조회할 수 있습니다. 부부 중 한쪽이라도 외국 국적이거나 사실혼이면 별도 서류(1년 이상 동거 입증 등)가 필요해 시간이 더 걸린다는 점도 참고하세요.

본인부담금 영수증, 연말정산에서 어디까지 인정될까

여기가 사람들이 가장 많이 놓치는 부분입니다. 정부 지원금을 받고 남은 본인부담금은 연말정산 의료비 세액공제 대상이고, 그중에서도 '난임 시술비'는 별도 항목으로 분류되어 일반 의료비보다 공제율이 높습니다.

2026년 기준으로 정리하면 이렇습니다.

• 일반 의료비: 총급여 3% 초과분의 15% 세액공제
• 난임 시술비: 총급여 3% 초과분의 30% 세액공제
• 미숙아, 선천성이상아 의료비: 20%

즉 똑같이 100만 원을 의료비로 썼다고 해도, 일반 진료비라면 15만 원, 난임 시술비라면 30만 원이 세액에서 차감되는 셈입니다. 한도 측면에서도 난임 시술비는 일반 의료비(연 700만 원 한도)와 달리 한도 없이 전액 공제 대상이라 부담이 큰 해일수록 효과가 큽니다.

영수증 발급 시 병원에 '난임 시술비로 구분해 달라'고 요청하면 홈택스 연말정산 간소화 자료에 '난임 시술비'로 별도 표기되어 자동 반영됩니다. 만약 간소화에서 그냥 '의료비'로만 잡혀 있다면, 병원에서 진료비 세부내역서를 다시 받아 회사 연말정산 담당자에게 별도 분류로 제출해야 30% 공제가 적용됩니다. 이걸 모르고 그냥 제출하면 15%만 받고 끝나는 경우가 많습니다.

한 가지 더, 정부 지원금으로 차감된 금액은 공제 대상이 아닙니다. 예를 들어 한 회 시술비가 300만 원인데 지원금 110만 원을 받았다면, 공제 대상은 나머지 190만 원입니다. 영수증 총액을 그대로 적으면 안 되고 '실부담액' 기준이라는 점만 기억하시면 됩니다.

실손보험과 겹칠 때, 어디부터 빼야 하는가

난임 시술이 건강보험 급여 항목이 되면서 일부 실손보험에서 시술비 일부가 보장되는 경우가 생겼습니다. 이때 순서가 중요합니다.

먼저 정부 지원금이 차감되고, 그다음 건강보험 본인부담금이 산정되고, 마지막으로 실손보험 청구를 합니다. 그런데 연말정산 의료비 공제에서는 '실손보험으로 돌려받은 금액'도 차감해야 합니다. 즉 100만 원 본인부담 중 실손에서 40만 원을 보상받았다면, 공제 대상 의료비는 60만 원입니다. 이걸 100만 원 그대로 신고하면 추후 과다공제로 가산세가 붙을 수 있어서, 보험사에서 받은 지급내역서를 따로 보관해 두는 게 좋습니다.

막상 받아보면 헷갈리는 두 가지

첫째, 시술 중 결제일과 시술 회차 종료일이 다를 때 어느 해의 의료비로 잡히는지입니다. 연말정산은 '결제일 기준'입니다. 12월에 결제하고 1월에 이식했다면, 결제분은 전년도 의료비로 들어갑니다. 11월쯤 시술 일정을 잡을 때 이걸 알고 있으면 그해 의료비 공제액을 계산해 시점을 조정할 수 있습니다.

둘째, 부부 중 누구 명의로 공제받느냐입니다. 난임 시술비 영수증은 통상 여성 배우자 명의로 발급되지만, 의료비 공제는 '실제 부담한 사람'을 기준으로 부부 중 한쪽이 몰아서 받을 수 있습니다. 일반적으로 총급여가 높은 쪽이 받는 게 유리하지만, 총급여 3% 문턱 때문에 오히려 낮은 쪽이 유리한 경우도 있습니다. 한 해 의료비가 200만 원 안팎이라면 한 번쯤 양쪽 시뮬레이션을 돌려보시길 권해드립니다.

마지막으로 챙겨두면 좋은 연락처

지원 자격이나 회차 잔여 확인이 헷갈릴 때는 보건복지상담센터 129가 가장 빠릅니다. 거주지 보건소 모자보건팀에 직접 전화해 '시술 결정통지서 발급 진행 상황'을 묻는 것도 방법입니다. 의료비 공제 적용 여부는 국세청 상담 126번을 통해 사례별로 확인할 수 있습니다.

세부 금액과 비급여 인정 항목은 매년 일부 조정되는 만큼, 시술 직전에는 복지로의 '난임부부 시술비 지원' 페이지에서 그 시점 기준의 한도표를 한 번 더 확인하시는 게 가장 정확합니다.

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